Beim "Neue Datei erzeugen" kam der Fehler (zu sehen im angehängten Bild).
Bei der Überprüfung der "How I Met Your Mother.tsdcuts" konnte ich folgenden Eintrag finden:
<File5>
<FileName></FileName>
<Start>7</Start>
<End>10</End>
</File5>
Nach dem Löschen des Eintrags und erneutem Einlesen der Schnittbereiche war es richtig.
Ich vermute, dass der Fehler bei einem "rückgängig" auf dem Marker passiert ist.
Vor dem "rückgängig" wurde versehentlich einen Schnittbereich gelöscht.